Theo nội dung Thông tư, các mặt hàng có trong Danh mục hàng hóa có xuất xứ từ Vương quốc Campuchia nhập khẩu vào Việt (ban hành kèm theo Thông tư) sẽ được áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt 0%. Các mặt hàng này bao gồm: Dừa, quả hạch Brazil và hạt điều, tươi hoặc khô, đã hoặc chưa bóc vỏ hoặc lột vỏ; Cà phê, rang hoặc chưa rang, đã hoặc chưa khử chất ca-phê-in; vỏ quả và vỏ lụa cà phê; các chất thay thế cà phê có chứa cà phê theo tỷ lệ nào đó; Lúa gạo; Thuốc lá lá chưa chế biến; Giày, dép có đế ngoài bằng cao su, plastic, da thuộc hoặc da tổng hợp và mũ giày bằng da thuộc.
Thông tư quy định, các mặt hàng có trong Danh mục kể trên được áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt 0% phải đáp ứng các điều kiện sau: (1) Có Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa mẫu S(C/O form S) do cơ quan thẩm quyền của Vương quốc Campuchia cấp; (2) Thông quan qua các cặp cửa khẩu nêu trong Bản Thoả thuận giữa Chính phủ nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Hoàng gia Vương quốc Campuchia.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 17/02/2012 đến hết ngày 31/12/2013, cùng thời điểm có hiệu lực thi hành của Bản thoả thuận về việc thúc đẩy thương mại song phương giữa giữa Chính phủ nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt và Chính phủ Hoàng gia Vương quốc Campuchia. Đối với các tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu phát sinh từ ngày 17/2/2012 đáp ứng đủ điều kiện để áp dụng mức thuế thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt quy định tại Thông tư này nhưng đã nộp thuế với mức thuế suất cao hơn được hoàn trả số tiền thuế chênh lệch theo quy định của pháp luật hiện hành. Thông tư này bãi bỏ Thông tư số 68/2011/TT-BTC ngày 18/5/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt đối với hàng hoá có xuất xứ từ Campuchia.