Nghị định này quy định rõ về đối tượng chịu phí, người nộp phí, mức thu, phương pháp tính phí và quản lý sử dụng phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản. Theo đó đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản theo quy định tại Nghị định này là dầu thô, khí thiên nhiên, khí than, khoáng sản kim loại và khoáng sản không kim loại. Nghị định này áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân hoạt động khai thác khoáng sản, các cơ quan nhà nước và tổ chức, cá nhân liên quan trong việc quản lý, thu phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản.

          Ngoài phần quy định chung và điều khoản khoản thi hành, Nghị định còn quy định cụ thể danh mục, mức phí, phương pháp tính và quản lý sử dụng phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng. Cụ thể như sau: Mức phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; đối với khí thiên nhiên, khí than 50 đồng/m3. Riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) 35 đồng/m3.

          Nghị định quy định rõ, đối với số lượng đất đá bốc xúc thải ra trong quá trình khai thác than, không thu phí đến hết năm 2017.

          Về quản lý sử dụng phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, Nghị định quy định rõ: Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản theo Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước, theo các nội dung cụ thể sau đây: Phòng ngừa và hạn chế các tác động xấu đối với môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản; Khắc phục suy thoái, ô nhiễm môi trường do hoạt động khai thác khoáng sản gây ra; Giữ gìn vệ sinh, bảo vệ và tái tạo cảnh quan môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản.

          Phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường theo quy định của Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước.

          Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trình Hội đồng nhân dân cùng cấp bố trí sử dụng nguồn phí bảo vệ môi trường thu được cho công tác bảo vệ môi trường tại nơi có hoạt động khai thác khoáng sản. Hằng năm, cơ quan thu phí bảo vệ môi trường có trách nhiệm công khai số phí bảo vệ môi trường do các doanh nghiệp đã nộp.

          Kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, trường hợp Hội đồng nhân dân cấp tỉnh chưa ban hành mức phí mới theo quy định tại Phụ lục Biểu khung mức phí ban hành kèm theo Nghị định này thì tiếp tục áp dụng mức phí đã ban hành; riêng đối với quặng nhôm, quặng bô-xít (bauxite); fenspat, serecit và graphit, trường hợp Hội đồng nhân dân cấp tỉnh chưa ban hành mức phí mới thì áp dụng mức tối đa quy định tại Phụ lục Biểu khung mức phí ban hành kèm theo Nghị định này.